私のところもオフコン基幹システムです。　全国に６営業拠点がありＩＰ−ＶＰＮで接続しています。　いまのところこれで満足です。
大昔は各拠点に小オフコンがあり１日の売上げデータを本社にＩＳＤＮで吸い上げていました。　古くなってきたこともあり全国ネットワークで拠点を結びオフコンは本社の１台だけに集中しました。当時は６４ｋや１２８ｋの専用線しかなく速度が心配されたのですが　拠点に聞いてみると「端末のスピードがおどろくほど速くなった」というのです。小オフコンがいかに遅かったかです。グループウェアもこのときに入れて同じＬＡＮ・ＷＡＮにオフコンとグループウェアの信号が乗っています。メールが出来るようになって拠点からは喜ばれました。　ＩＰ−ＶＰＮ網に某社のデータセンターをつないでそこからインターネットに接続、メールもｗｅｂ参照もここを通してウィルスチェックやファイアーウォールの管理をしてもらっています。
そのまま応用出来る例ではないでしょうか。

本社のオフコンはちょっと大型を使っています。ここでケチってもすぐ限界がくると思ったからです。おかげで処理スピードやディスク容量で困ったことはありません。これは結構大事でギリギリのものにすると業務拡張に耐えられないし、いつもびくびくしながらの運用になってしまいます。
（この大型にするには社長と大げんかをしました。社長は小さいのでいいと言いましたが「使うのは私だから私の希望通りにさせてもらう　能力限界でトラブっても社長が直すわけではないだろう　基幹系オフコンが止まれば損失は計り知れない　オフコンのハードで倍額といっても大した金額ではない」と説得しました。）

12年間使用してきたとなると、クライアント側もかなり
年数が経っているのかもしれませんね。
まず、５拠点間の回線インフラがどうなっているか、で
すが・・・。
廉価にシステム構築をするのであれば、IP-VPNを利用する
のが良いのではないでしょうか。
法人としてプロバイダと契約し、固定アドレスを確保し、
ルータを購入して自前のIP-VBPNを構築するのも一考です
し、IP-VBNをサービスで提供しているメーカに回線回り
をぞっくりアウトソーシングしてしまうのも一考です（
例えば富士Xerox社のbeatなど）。
お金をもっと掛けて回線速度を確保しないと運用に障害が
発生すると言うのであれば、また別の手段も検討材料とし
てはありますね。

回線が確保されたら次は、回線を利用する業務プログラム
の状況により、メタフレーム等の機能が必要な業務プログ
ラムかどうかで設備投資はかなり異なってきます。
メタフレームが必要であれば、サーバも独自に立ち上げな
ければならないし、専用ソフトも必要です。　またライセ
ンスを購入する費用も発生します。

最新のシステムを導入する場合、このライセンス関連の費用
が馬鹿になりません。　ライセンス費用だけで何百万と言う
場合もあります。

サーバの集中管理方式と言うよりは、新規にシステムを再構
築する場合の検討課題と言った方が良いかもしれませんが、
１．回線回りをどうするか
　（アクセスに耐えうる速度をどう確保するか）
２．メタフレーム等の付属設備が必要か
　（業務プログラムによっては必須となります）
３．ライセンス費用はどのくらい必要か
　（サーバ、クライアントを含めて算出が必要）
４．業務プログラムのバックアップとクライアントの保守
　（誰がどのような形態で行うのかで考え方も変わる）
要望されている回答になっていないかもしれませんが参考ま
でに。

私のところは本社と営業拠点が３箇所と協力会社１０社、それと社外勤務の社員４名をMETA（２種類：METAFrameXPとCitrixPresentationServer）サーバーで基幹系システムを運用しています。

回線はUsenのGate02です。Internet用は8IP用、営業拠点2箇所と本社用で1Pを3回線です。後はPHSやADSLなどによるInternetVPNで運用しています。

METAの場合、2000Serverで約９０クライアントです。こちらは生産管理の仕組みで協力会社10箇所とも接続しています。2003ServerはターミナルサーバーライセンスとMETAと両方が必要になります。こちらは３０ライセンスです。
私のところは情報管理担当は私一人のため以前はクラサバ型でしたが、集中管理をすることで相当運営も楽になりました。また遠方の拠点にはクライアントにもpcAnywhereを入れてなにかあればつなげてメンテしています。

生産のほうはMetaではロードバランサを入れており３台のMetaを組んでます。当然ＤＢserverは別で立てているのでそこそこ予算も増えてしまいましたが、端末は最低限の機能にしたため全体では以前よりコストは減りました。拠点が全国に展開する場合はすべてサポートできるところがＢＥＳＴですが、リモート監視もできますのでコストサービスどちらをとるかという形になるかと思われます。

desato 様、なか 様、ホンマニ 様、ほど経験豊富ではないため、的外れの事かもしれませんが、少し別の方法を紹介します。

１．WANに機器を使用して、拠点側の体感速度を上げる

１番目の参考リンクで紹介している記事で出てきている「WAN高速化アプライアンス」を、拠点と本社側に使用する事によって、実現できるようです。非常に多くのメーカーから、新製品の発表が相次いでいます。
また、メーカーや機種によって、高速化出来る対象が異なるようですので、その点は注意が必要です。（Windowsだけ、UNIX系もなどなど）
高価な機器になりますし、実際に借りて試してみる事が必要だとは思います。
ただし、Metaframeの高速化は出来ないようなので、注意が必要です。

２．「リモートデスクトップ」の活用

拠点のPC台数が多い場合には非現実的な方法ですが、こんな方法もあるという事で紹介します。２番目の参考リンクで紹介しているとおり、 XP Professional 以降のOSであれば、標準で使用可能な機能です。
さすがにInternet経由で接続するのは危険だと考えますので、Internet-VPNかIP-VPNをアクセス用に使用します。
本社側にホストPCを置いて、通常の業務を行います。こちらは処理に必要な高速化機種を、接続する人数分用意します。
拠点側では、画面表示だけが使用できれば良いので、古めのPCでOKなはずです。
拠点側も XP Professional にすれば、本社側から拠点側のPCをチェックする事も可能です。（ホンマニ 様が紹介している、pcAnywhereと似ているイメージです）
正確なところはわかりませんが、この「リモートデスクトップ」機能は、Metaframe との技術提携で実現していると聞いた事があります。

３．「Virtual Server」の利用

まだまだ、実運用は難しいとは思いますが、将来的に可能になるかもしれない技術として紹介します。（主に処理速度の面で問題がありそうです）
４番目の参考リンクで紹介しているようなイメージで、実現します。
先に紹介した「リモートデスクトップ」の接続先が、実体のあるPCではなく、仮想PCになるイメージです。
実体のあるPCの管理に比較して、仮想PCを何台も収容するサーバーを集中管理する事になるので、管理コストが減る可能性があります。

４．仮想技術を応用したシンクライアントシステム

上記のようなアイデアを専用機器で実現したようなシステムです。なお、仮想技術の基盤としては、Microsoftの技術ではなく、VMwareという仮想技術専門の会社の技術を使用しています。
上記は専用の機器を使用していますが、技術的には、通常のクライアントPCでも使用可能なはずです。予算面で厳しい場合には相談してみると良いかもしれません。

以上です。少しでも「ikeike」様の参考になれば幸いです。