企業で使うには適切かどうか迷いますが、
GoogleのGmailを使ってスパムフィルタを行い、さらに自社のメールサーバへ転送させるという方法はどうでしょうか？

詳細は下記リンク先へ
http://www.kaiteki-net.com/spamkiller/gmail.html

サーバ機にスパムフィルタソフトを導入して運用していくのがベストでしょうか？

予算などはわかりませんが、「Windows2000サーバ機」に、新規にソフトを追加するのは性能面や安定性の面などで、何かと問題がありそうなので、アプライアンスでの導入を提案します。

そこそこの性能を安価に実現するのであれば、「FortiGate-50B/60」でオプションのアンチスパムを有効にする事が考えられます。価格に関しては、代理店に問い合わせてみてください。
（２年目以降の保守料金も、必ず確認される事をお薦めします）
（アンチウイルスなども実現可能ですが、別途料金がかかりますし、CPUなどの負荷も増大します。いろいろやらせる場合には、FortiGate-100Aを使用する必要があるかもしれません）
（可能な限り、事前のテストをお薦めします）

対抗馬としては、「ジュニパーネットワークス SSG5」があげられますが、「Symantec社との提携によるアンチスパム」は高価になるかもしれません。その分高性能だとは思われます。