こんにちはです。

ファイルサーバ(Windows2003)にある一つのフォルダにパスワードを
かけて社内的に重要なファイルをその配下に保管し、ネットワーク上から
一部のユーザしかそのファイルを開けないということが出来ればと考えてい>ます。
この書き方ではしたい事＆使用環境がよく分からないのですが、もしActiveDirectoryが
構築済みなら「共有とセキュリティ」で制限を設ければいいと思うのですが。
＃ActiveDirectoryでなくてもローカルユーザで設ければいいと思います。
多分ご質問内容からして、回答以上の内容を求められているんでしょうね。(^;)

＃誤爆でしたら、ご容赦を・・・

よっし〜さんの方法が一番理想かと思いますが、
簡易的に設定したいのであれば、代替案ですが、
フォルダ名の最後に「$」を付与すれば、
ネットワーク上からは見えなくなります。
ただし、直接パスをアドレスバーに入力すればアクセス可能ですので、
そのフォルダを使用するユーザーにだけ知らせるという方法です。

「こぅぃち」さんの意見に補足です。
フォルダ名の最後に「$」ではなく、共有フォルダ名の最後に「$」を付ければLAN上から見えなくなるので、目的は達せられると思います。
お試しになってみてください。

なお、本来の目的を達成するためには、「よっし〜」さんがおっしゃっているように、共有させたいユーザーをグループに設定して、そのグループにだけ変更権限を与えるようにすれば良いのでは？と思います。