ファイルサーバはWindowsなのでしょうか？
WInddowsでAD使っている等であれば、グループを作成して
兼務者用グループを作成して権限付与とかやりますね。

まぁSMBでもグループをしっかり確定させれば可能かと思います。
うちの会社だと、プロジェクト毎などでグループを作成することもありますし。

でこの方法はグループ分けをするよりもフォルダ構成をきちんと
決定する方が重要かと個人的には思います。
兼務用フォルダとかどんどんやっていくとえらいことになるので。

ドメインにユーザーが参加させて、設定していればどんなパターンでも
対応可能なのでは？？
うちはそれぞれの部単位でセキュリティーをかけています。
例外の時はすべての人が見れる場所など設定すればどうでしょう

実際には出来ていないのですが。。。

理想としては、
　公開・非公開・特定公開でフォルダを３つ作成し、その下に各部署の
　フォルダを作成してアクセス権限を付与します。
いわゆるプロジェクト単位というのは特定公開ですね。

権限に関してはWindowsであれば、ドメインもしくはＡＤでやれれば楽ですが
ファイルサーバのローカルユーザと各クライアントのローカルユーザのログイン名やパスワードを合わせれば何とかする方法もあります。

もっとも予算があれば先頭の３つのフォルダを別々のサーバにするんですが。。。

頑張ってください。