私のところでは　各部署で保管です。
破棄するときはこっち（情シスに）送ってくれ　と言ってますが
　あまり守られていません。

アプリケーションのライセンスといっても
　マイクロソフトのＣＡＬのように　一覧表を作って管理しなさい　と義務になっているものと
　そうでないもの
があります。
ＣＡＬのようなものはは情シスで管理しないといけないと思いますが　その他各部署でいいと思います。
ただしＩＴ統制でどういう事になっているのか　はよくわかりません。　監査人次第ではないかと思います。

当方では、ユーザが管理しています。

そもそも全社で一括導入するようなソフトウェアが存在しないため、システム部が管理する大義名分（必要性? 必然性? 義務? 権利?）がないのです。言い換えると、ソフトウェアは各部署が各部署の予算で購入しているため、ライセンスも各部署が管理しているというわけです。

近々、ウイルス対策ソフトは全社一括で購入しようという話になりそうです。この場合はシステム部でライセンスを管理することになると予想しています。