今からでも遅くないと思いますので、バインダなどで整理されることをお勧めします。
不足しているCDがあったときは、すっぱり諦めるくらいの心構えで、コストをかけないほうが良いと思われます・・・

へへへ　実は私のところでも　管理していなくて　旬な話題です。

一応は中身を見るので開封しますがＣＤフォルダのままだったり　ビニル袋に入っていたり　とごちゃごちゃです。
マイクロソフトからは かばんのようなバインダーが来ていますがすぐにいっぱいになってしまうし、かさばるので使っていません。

これではいけないと思い　
太めのヒモを用意してそれをＣＤフォルダの穴（パンチ穴）に通して縛っておこうとしています。　年代順に入れたいのでその整理を今、やっているところです。　書類が２〜３枚付いてきますがそれも一緒に縛ってしまおうと思います。　一つの束は５０ｃｍ厚にしてそれ以上になったら２束目を作ります。この束を段ボール箱にそーっと入れておけばいいですし、取り出す時もヒモをユックり持ち上げればいいのです。
実はこの方法は伝票の束を保管をするのに使っている方法です。
なおヒモは靴ひものようなものでロールで買いました（大昔なのでどこで買ったかは不明）

以前は管理していましたが、最近は管理が別の部署に移行したため、最近の事情はわかりませんので、ご了承ください。

確か、CD-ROMは全てを保管する必要は無かったはずです。例えば同じ1000番のCD-ROMでも、1000/1000.1/1000.2/1000.3 とリビジョンが上がっていくCD-ROMがあります。その場合は、最新版だけ保管すれば良かったはずです。
（以前は、毎回一覧の紙が送付されてきて、今回変わった分と追加された分が、強調されていました。その紙に従ってファイリングすれば良かったのですが、最近は変わったのでしょうか？）

それと、白いベータ版はほとんど使用しないため別にファイリングしていました。それだけでも、かなり数は減ったはずです。

確かに、DL版の方が管理という面では非常に楽だと思います。「DLの時間がもったいない」と言うほど、急ぐ場面でなければ大きな問題は無いと思います。