私の基本的な考え方は「紙が原本」でした。電子文書はあくまで紙の原稿を作るために保存しているファイルだとして、印刷してハンコを押したものが正式な書類だとしていました。
その考えが最近揺らいでいます（というより電子化に向かっている）。　その理由は複合コピー機の導入です。
なんでも書類はスキャンして保存しておけば社内のどこからでも（モバイル環境があれば社外からでも）その書類を見ることができます。ＯＣＲを通してテキストデータを付随させれば検索にも引っかかります。
セキュリティがどうのと言いますがきちっとアクセス権管理したフォルダのほうが紙の書類を放置するよりいいのじゃないかと言っています。
（本当に秘密の書類ならば金庫にしまっておくべきでしょう）
なんとか電子化できないかを考えている毎日です。

純粋に法律的に、電子化した書類が原本にならない書類の種類は下記のとおりです。

税務関係帳簿書類のうち、決算書類や帳簿、定型的約款がない契約書、3万円以上の領収書は、これまでどおり紙での保存が義務付けられる、そうです。

詳細は、参考資料をお読みください。中小企業の文書量だと、電子化した書類を原本とするための初期投資の額が大きすぎて、メリットが少ないような気がします。