ご苦労様です。
弊社も同じようなＰＣ台数ですが、自動更新の設定を
毎日１２時に設定していまして、毎月第二水曜日のお昼休みに入ると
勝手に更新、再起動がかかっています。
これだとサーバーが無くてもほぼ、自動更新されますが、
１２時に電源が入っていない、滅多に使わないパソコンは、
更新が漏れることがあります。
あと、ＩＥ７のようにインストールされると困るような場合は、
ブロック設定をしなければならないなど、
たまに手間がかかることがありますが、
概ね問題無く運用できていると思っています。

2000のWindows Updateって基本的にもうやってないんですけど・・・
参考URIの中に「延長サポート フェーズの 3 年目以降はダウンロードセンターからのみ」と書いてあるのが見られると思います。
すでに3年目以降に突入しています。

セキュリティの問題が社内で発生した場合、管理者の
責任を問われる可能性もあると思いますし、
そろそろXPの入手が厳しくなってくるのでどうするか
お考えになった方がいいですよ。

wsus自体は2003サーバがあれば導入自体はそんなに難しくは
ないですよ。

他の方法だとsysteminfoコマンドの結果をテキストに落として
ファイルサーバにアップするようなコマンドを
スタートアップで実行してもらうようにすれば
どんなパッチが当たっているのかは把握可能。