申請者が交通費を誤魔化せないツール・運用方法などありましたら教えて頂けますでしょうか。

これに関しては、大都市圏限定かもしれませんが、SUICA/PASMOなどの情報を読み取れば良いのでは？と思いました。
また、そこまで出来れば、読み取った情報を計算させれば良いのでは？と思いました。

そして、「交通費 計算 ソフト」で、検索した結果から、そのものズバリの商品を見つけました。「交通費精算 Gon太」というソフトだそうです。詳細は、参考URLで確認してください。

他にも、無料のツールがいくつかありましたので、参考URLでご確認ください。

ひょっとして　”投稿元”さんは　お役所で「交通費補助支給」とかの仕事をされているのでしょうか？　（北海道？で何千万も不正請求があったとか．．）

普通の会社の経理や総務ならば

かかった費用なども別途インターネットで調べて手入力しています。
それは本人の請求でしょうからインターネットで調べてもそれは単なるチェック（照合）だけでしょう。　何十件に一件あるかないかの数百円の不正請求のためにインターネットで調べるのは割に合わない気がします。　

実は昔、私のところでもこういう話がありました。結論は却下。
ITなどを知らない人が「自動で計算で出来ないか」と言ったのは発端です。
しかし実際は　　（私のところは地方都市です）
・市内の公共交通機関はプリペイドカードを支給しておりそこに乗車区間が印刷されるので証拠になる。　タクシー利用は領収書がある。
・遠距離は出張精算・報告があるので証拠になる。
ということで「金を掛けてまでチェックする必要はない」になりました。
疑えば「便乗して私用に使ったかも」とか「電車で２駅先の請求をした」とかがあるかもしれませんがそれも「せいぜい数百円だろう」ということでした。

”コメント（１）”さんは　いつもすばらしい検索・紹介をされるのですばらしい　と思っています。