やはり「企業」ですから、「そのソフトを使うことにより、どれくらい会社の売上・利益に貢献出来るか」、ではないでしょうか。
一ヶ月で１００万円の労務経費削減効果があれば１万円のソフトなんて安いものでしょうし、逆に一ヶ月で１０円の労務経費削減効果しかなければ１万円のソフトは・・・。

フリーソフト・壁紙・マウスアイコンのダウンロードは原則ＮＧですかねぇ。フリーソフトを使わなきゃ仕事が出来ない、なんて人には「こらっ！」、ですかね。

「そのソフトが妥当か」という判断は難しいものがあります。
ですから「許可制」というよりは「登録制」にしてはどうでしょうか。
全部のソフトを行うのは大変だと思うので例えば購入価格１万円以上のソフトは申請書を出させてそれを一覧表にしておきます。
どのパソコンにどんなソフトが入っているかが一覧で見れれば、今後の方針を立てるのもやりやすくなるでしょう。

まず、アプリケーションの使用状況を収集する事が大事だと思われます。
過去に何度か紹介されている、「PCView」の利用などをご検討されてみてください。（起動時に自動的に動作させて登録させれば、「自動登録」になります）

そして、収集した情報を基に妥当性の判断を行います。コメント（2）desato さんもおっしゃっていますが、この部分が非常に難しいと思います。参考までに、私が勤務先で行っている判断基準を紹介します。

まず、商用アプリケーションで、ライセンス数違反の可能性があるアプリケーションに関して調査します。開発会社毎に、ライセンスの条件が異なるため、どのような使用条件でライセンス違反になるのか？調査してライセンス違反にならないようにします。（調べた範囲では、Adobeが一番使用条件が厳しい印象があります）

次に、ソフトの名称を検索してみて、窓の杜やVectorで登録されているか？、Newsで取り上げられているか？、などをチェックします。登録されている場合には、基本的なウイルスチェックやスパイウェアのチェックが済んでいると判断します。そして、使用用途として妥当かどうかを判断しています。（動画編集ソフトは、仕事に関係ないだろう？とか）

問題は、海外のアプリなどで、これらの登録が無い場合です。そのような場合には、実際に動作させてみて問題が無いか？、スパイウェアが入っていないか？などを判断します。そして、問題が無いようであれば、許可しています。

もしくは、似たようなアプリケーションが、窓の杜やVectorにある場合には、そちらで代用可能か？確認しています。

なお、このような検証作業の際には、Virtual PC などの仮想環境内で試すと便利です。外部への接続をしない設定も出来ますし、万が一システムが起動しなくなっても、インストール前のファイルがあれば、何度でも初期状態に戻せます。

こんなところです。少しでも参考になれば幸いです。