こんにちは。

mbox形式のメリットですが、ほとんどありません。
popperのデファクトスタンダードであったqpopperサーバーデーモンが
maildir形式に長らく対応できなかったためmbox形式を選んだ方も多かったと思います。

mbox形式は、クライアント側でサーバにメッセージを残す設定になっていると、受信が非常に遅くなり、サーバー側の負荷も非常に高くなります。
NFSサーバ側にファイルが置いてある場合はさらに問題が多いです。
巨大なメッセージファイルが壊れると復旧させるのも大変です。

現在は、courier-MTAやdovecotがありますので、置き換えができるようであれば
maildir形式に変更すると良いと思います。