2U以上では、システムとそれ以外のRAIDを分離するため、パーティションは分けません。HDDの容量が、そのまま全容量です。最低73GB、出来れば146GBでしょうか。

1Uの場合では、SATAのHDDだったので、容量は贅沢に使って100GB以上確保しました。

使った事はありませんが、「Paragon Partition Manager 9 Server」という製品もあります。どうしても必要な場合には、このような製品で調整するのもよいかもしれません。

確かに20GBだと少ないです。当社の経験談で恥ずかしいのですが、UPDATEで約１年から２年の間にCドライブが一杯になりました。その時市販のパーテーションソフトを買おうとも思いましたが、最終的にCドライブを80GBに再設定しました。
DELLの営業の方にそれを伝えたところ、「マイクロソフトさんのアナウンスの中で最低の稼働領域として20GBとあるのでそのサイズにしています」みたいに言われた覚えがあります。
入れ替えなどが頻繁にできるなら良いでしょうが、最高５年と考えると80GBは欲しいところですね。

サーバの使用目的にもよりますが小規模のファイルサーバではＣ：を２０ＧＢにしてＤ：をデータ用で残り全部としています。
Ｃ：が２０ＧＢで足りるかということなら足りています。（現在の使用量は１５ＧＢでした）。ただし、暫時増加しないように設定しておく必要はあります。
例として　ファイル保管共有フォルダのサーバはＣ：が２０ＧＢでＤ：が３００ＧＢあります。（ソフトは入って「ません　またWinUpDateは自動ではなくほとんど追加しません）

私の所も、しとさんと同じです。
2U以上のサーバーでディスクが６個以上あった場合は、システム(Windows)用とデータ用でRAIDを分けています。例えば、システム用にディスク２つを使ってRaid1を組みます。残りでRAID5を組みます。システム用はそんなにディスク容量が必要ないので、システム用とデータ用のディスクはサイズが異なる場合があります。この構成にしておくと、メインテナンスが楽になります。
1Uのサーバーの場合はRAID1のままでPartition分割はしません。この場合はサーバーに蓄積されるようなデータは保存しません。