おそらく「田吾作」さんが求めている情報では無い事を承知で書きます。

双方の Active Directory が、どの程度の規模のなのかはわかりませんが、いきなり信頼関係の構築を考えるよりは、出来るだけ運用をシンプルにするために、１つの Active Directory への統合の方向で検討を進める事が最優先だと思いました。（出来ればどちらかへの片寄せ、もしくは新規 Active Directory を構築して、それぞれが統合する、とか）

どうしても、双方の Active Directory を残す必要があれば、せめてどちらかの Active Directory が上位になる関係でのフォレストの構築を目指すべきなのでは？と思いました。