お名前に支払った料金については

http://www.onamae.com/agreement/a_ag/registration.html
第6章 料金
第28条　利用料金
2 第1項に従い当社に対し支払われた利用料金は，対応する手続が完了した場合はいかなる理由があっても返還を行いません。

が適用されるんではないかと思います。

どちらがコストで有利かはなんとも言えませんが、まとめてしまえば更新手続き・設定などの手間は減るんじゃないでしょうか？
自分だったら、お名前で1年だけ継続するか、今からホスティング会社にドメインだけ移管してしまいます。

基本的に一回払ったものは返還されません、また移管をおこなうと
そこから新たな費用が発生します。すなわち期間をのこすとその分
無駄になります、普通一ヶ月をのこして移管します。

とんとんとは　残りを捨てて損して　
新規が安くなって得して　結果あまり変わらない
とゆうこととおもいます。

ドメインを自分の管理からはずして、移管後のサーバー会社にまかせれば
かなり　やすいですが。。自由にならなかったり、次回他社に更に移管で
トラブルに　なることがあります。

ドメインとＷＥＢサーバーは機能がちがうので 管理ができれば、会社や契約を分けておいたほうが得策と思います。

個人で　面倒ならばべつですが。。。　会社ならやめた方がよいとおもいます。

移管後のサーバー会社にまかせるなら　なるべく短期間に継続する
1年でしょう。

1）お名前ドットコムでドメイン更新料を1年にしておいて、新ホスティングへ移行
2）お名前ドットコムでドメイン更新料を3年支払うけど、新ホスティングへ移行

そして一月のこして　移管するがよいとおもいます。