私も明確な基準は持っていませんし、同じように検討中なので、決め手に欠ける情報である事を最初に言っておきます。情報の基は、色々とセミナーなどで聞いた情報や、Webサイトからの情報です。

まず、結論から言って一般的な中小企業の場合には「iSCSI」で決まりだと思います。

現状で新規のシステム構築で「FC」を選択する場合には、下記の理由が考えられます。
・客先に「FC」関連のシステムを販売するために、運用のノウハウをためる
・今までの運用実績を、最大限に評価
・予算が余っていて、構築・運用のためのコスト負担は問題無い
・基本的にシステム運用は外部の業者任せなので、その業者が薦めるシステムで問題無い

最近の「iSCSI」について聞いた話です。
・新規構築の場合、「FC」と比較して圧倒的に低コストである（１つ１つの機器が「FC」専用となるため高価である）
・「FC」の新規導入の場合、情報システム部門だけで導入する事はほぼ不可能なため、コンサル（設計・構築）込みの価格となる
・実績・事例は「FC」に比べて少ないが、徐々に増えている
・通常のLANとiSCSI用の経路を分けるなど、キチンと設計された状態であれば、1Gbps 1本の接続でも、十分な速度が出る
・最近のiSCSI機器は、2〜4個の口があるので、まとめればさらに高速化も可能
・NICでも、iSCSIの処理を高速に処理できるchipがあるので、それらを使用すればさらに高速化出来る

こんな情報で参考になったでしょうか？
もっと詳しい話は、各メーカーの営業へ質問すれば、色々と教えてくれると思います。（iSCSI製品間での比較など）（DELLだけでも、PowerVaultとEqualLogicとEMCが有り、それぞれの機能に差があります）