こんにちは

デスクトップ上にファイルを置きたいと言うことは、
オフラインでもファイルを開く機会があるのでしょうか？
オフラインにならないのであればファイルへのショートカットを
各デスクトップに置けば良いような気がします。

ファイルの更新を見逃さないためには「フォルダ監視」という
フリーソフトがあります。
この様なソフトを使うのも手かと思います。

共有ファイルサーバ上のファイルのショートカットをデスクトップ上に張っておく・・・方法ではダメなのでしょうか？
それとも、更新されたことを知らせる仕組みが必要ということでしょうか？
「付箋のような」という点では、ネットワーク対応付箋のPostNet等は如何でしょうか？
私はまだ使っていませんが、参考URLを参照してみてください。

グループウェアも使用しているのですが
どんなグループウェアなのかわかりませんが、私のところで使用しているＥｘｃｈａｎｇｅサーバでは掲示板（パブリックフォルダ）の投稿物が更新されると（未読になると）太字に変わりますので更新されたのを見逃すことはありません。（クライアントのＯｕｔｌｏｏｋには常に掲示板を表示させておくことができます。）　逆にちょっと（テニオハを）変更しただけでも太字になるので鬱陶しいです。鬱陶しいといえば掲示板には更新されると自動的にメールで通知する機能もありますがポンポンとメールが来て鬱陶しくて今ではやめています。

だいたいこの手の話は”えらいさん”が言い出すのですが「やめろ」というのも同じ”えらいさん”であることが多いですね。