自社の社内向けサービスが UNIX / LINUX で動いています。
出来の悪い内製アプリが、サービス( ex: apache )の
バージョンアップを行うと動作しなくなったりするので
現在は以下のステップを踏んでパッチ当てをしています。

　1.セキュリティ情報のキャッチアップ
　2.パッチ or 改修済みモジュール取得
　3.動作チェック(1週間程度)
　4.テストサイト適用後テスト(3日程度)
　5.本稼動サーバ適用

社内限定サイトだったので、のんびりパッチ当てできて
アプリの差し戻しが発生すると、改修が終わらないうちに
さらに新しいパッチが出てしまって
ステップ通りに進まない事もしばしば...

社内に限定して使っているうちはいいのですが
どうも社内システムを『「スマホ」で外部から見たい』
と言うアプリ改修の動きがあるらしく(もし本当に導入するなら)
事前にこの辺りを考えておく必要があると思い
情報収集始めています。

何か良い情報をお持ちでしたら、教えていただけると嬉しいです。

弊社で主にパッチ宛を行っているのは以下になります
・Apache
・php
・OpenSSL