お疲れ様です。

弊社では「BIGLOBE メッシュストレージサービス」を利用しております。
http://business.biglobe.ne.jp/asp_saas/bmst/

利用ユーザー数は120名ぐらいですが、御社と同じく部署ごとにアカウントを
振り分けています。暗号化通信はもちろん、フォルダ、およびファイル単位での
パスワード設定も可能です。
ただ、弊社従業員からは使い勝手が良くない、という声もあります（個人的にはどこが使いづらいのかさっぱり分かりませんが。。。）
3ID・100MBまで試用できるので、事前に試してみたほうがいいかもしれません。

また、Business OffiSuite 「ネットストレージ」というのもありますので、ご参考までに。
http://www.gate02.ne.jp/service/offisuite-storage/index.html

・利用ユーザ数　100名
そのユーザはどこにいるのでしょうか？　同じ建屋の中ということはないでしょうね。全国に散らばっているのですか？　

・セキュリティが高い(暗号化通信など)
データの置き場はＷｅｂ上のサーバなのですよね。　そのサーバのフォルダがパスワード保護になっていて、圧縮パスワード付のファイルを格納しておけばよいのではないでしょうか。　通信上で暗号化するとスピードは落ちますよ。

全ユーザに対してアカウントを割り当てると、費用もかかり、
一時（いっとき）だけの使用なら１アカウントでもやれると思います。　そんなにアカウント数が必要な運用なのでしょうか？

一応、ウチでも使っているものがありますけど．．．
某通信業者のサービスです。アカウントは５つのみ。使いたい人が申請して、あるアカウントのパスワードを設定して、先方にもそれを伝えてファイル交換します。使い終わったらアカウントは解放です　なので同時に５つまでできます。

たまたまですが　こういう売り込みがあったので紹介しておきます

「『easyFiLEX Cloud』のファイル転送サービスなら、カンタン操作で大容量データを高いセキュリティレベルで送ることが可能。その高い利便性と安全性で多くの企業で活用いただいています」
「easyFiLEX Cloudは、そのサービス基盤に富士通のクラウドサービスのプラットフォームを採用しています。」

お試し版もあるのでいかがでしょうか