障害の際には自分の環境を説明いただかないと答えようがありません。
自分の環境は「世間でも同じ仕組みで運用している」と思われるかもしれませんが、どっこい、世間は広い、違う方式を使っていることが多いのです。
なんとなくメールサーバに原因がありそうな気がしますが．．．

問題を切り分けるのが第一ですね　
・メールサーバはなんでしょうか
・Ｅｘｃｈａｎｇｅサーバは使われていますか？
・メール形式は　ＨＴＭＬですか？（私の経験ではＨＴＭＬ形式は不具合が多い）　リッチテキストフォーマットは使われませんか？（テキスト形式が一番、不具合が少ないですが、文字に飾りをつけるならリッチテキストをおすすめします）
・同じメールをほかの人に「転送」したらどうなりますか
・ＩＭＡＰ４ですか？　ＰＯＰ３ですか？　ＩＭＡＰ４ならほかのパソコンから見たら同じ現象になりますか？
・異常が起きたメールを全く変更せずに再度送信しても同じ現象になりますか？
・「S/MIMEを用いたメールの暗号化を運用で利用」なのに「S/MIMEによる暗号化や電子署名を有効にしていない」というのはどういうことでしょうか　認証は全員にとられているのでしょうか　
・Ｏｕｔｌｏｏｋの設定で［オプション］の［セキュリティ］の「電子メールの暗号化」はどのような設定にされてますか

outlookspyという開発用ソフトがあります。
30日無料で全機能を使用できるので、
仮想環境に入れてメールの問題解決に役立てています。
（OS環境だけバックアップしておいて使用期限がきたら環境をロールバックして再インストールしてます。。）

このソフトを使用してなぜメールの本文が見えないのかを調査すると解決の糸口になるのではないかと思います。
メールアイテムのBodyプロパティが消失しているのか、
エンコードやHTMLのタグの不具合で表示する機能に問題があるのかなど、
詳細が見えてくるのではないかと思います。
MSDNの開発情報とあわせて調査を進めると良いと思います。