名前は
１．姓で判断できる規模なら　姓のローマ字
２．姓名での判断できる規模なら　姓のとイニシャルのローマ字
３．５０人を超えたらはフルの姓名のローマ字
４．同姓同名は数字を姓につける
がうちの考え方です

例　やまだ　タロウ
１．yamada
２．tyamada , yamada.t
３．tarouyamada , yamada.tarou
４. tarou_yamada2 , yamada2.tarou

十数人程度であれば、姓名でのアカウントでも良いと思いますが、
規模が大きい場合はもっとユニークなものにした方が良いと思います。

私の会社では各社員に社員番号が振られていますので、それを使用しています。

私のところも、アカウントは社員番号にしてますね。
ADは姓に実際の姓、名に名を入れておりますが、メールサーバへの登録には
姓名の姓⇒支店、部課名、名⇒本当の姓名を入れています。
ただ、転勤時にメンテが必要なので、あまりお勧めは出来ません。
姓⇒社員番号、名⇒本当の姓名が良いかも…
なおiPhoneの連絡先には、姓⇒本当の姓名、名⇒相手の会社名を入れてます。
姓と名でフォントの太さが異なるので…

私のところでは”ユーザが勝手につけなさい”にしたのでメールアドレスの重複はありません。
しかし漢字の名前である表示名は重複する場合があります。同性・同名の人は後ろにアルファベット１文字をつけて区別しました。
それは女性でしたが一人が結婚して姓が変わるのでこれ幸いと姓を変えようとしたら「旧姓のままで居たい」などと言い出して変えられませんでした。
私は進歩的なのは基本的に賛成なのですがこの時ばかりは”ちぇっ”と思ったものです。

私の会社ではADアカウントは社員番号で、メールアドレスはfirstname.lastnameです。同姓同名の二人目は本名以外の名（社内名）を入社時に決めて使用しているケースが結構あります。その場合のメールアカウントはfirstname（本名または旧姓）.lastname
（社内名）です。
人事や総務や経理でも同じ問題を抱えていると思いますので、相談してみてはいかがでしょうか。弊社の人事データベースには本名、旧姓、社内名の3種類の名前が登録されているユーザーもいます。

私のところでは、苗字に重複がなければ苗字のみ。
苗字が重複した場合には、名前のアルファベット1文字をとります。

例）ヤマダ　タロウさんが2名いた

yamada
t_yamada

3人目以降になると、名前部分のアルファベットを足していきます。

ta_yamada

管理台帳がないと煩雑になると思いますが、そこそこ対応できるかと。
社員番号があるようであれば、ＡＤアカウントは社員番号にすると
スクリプトなどで、データを取得したりするときに楽ですね。

旧漢字とかで、検索にＨＩＴしないとかがなくなるので、ユニークIDがあるようであれば
そちらをおすすめします。