お疲れ様です。

OUにグループポリシーを適用するのも、ユーザーグループにグループポリシーを適用するのも結論は変わらないとみてよいと思います。

OUは通常、部署とか事業所とか大きな単位で分けることが多いと思います。
ユーザーグループ（グループ）は、その中のプロジェクトチームとか、課などもう少し細かな単位で分けて利用する背景が多いのではないかと思います。

たとえば、営業部OUに営業1課、営業2課、営業3課と有った場合、営業全体に設定するグループポリシーをOUに割り当て、営業1課だけの特別なグループポリシーを、継承というかたちで、さらにグループに対してのみ割り当てることが可能となります。

設計にもよりますが、一般的には、
OUの数　＜　グループの数
となると思いますので、OUで全体的なポリシーを適用し、グループに個別ポリシーを適用させるというのがよいと思います。

もちろん、ポリシーの継承等をさせたくなければ、すべてをグループ単位でACLを設定することで対応することも可能です。

この辺は、あとからの運用で利便性が分かれるところですので、「設計」を大事に検討されてみて下さい。