私は　箱に細長い列を作ってそこにならべてあるだけです。列は５列あって、（１）取引のある人たち
（２）取引はないがよくお会いする人たち　
（３）それほど会わない人たち　
（４）ほとんど会わない人たち　
（５）退社、転職で付き合いがなくなった人たち
１社で何人かの人と会っている場合は一組にしています。
そんな程度ですね。

アドレス帳にはメールをやり取りした人が載っていますが、特に名刺とは関連していません。

個人で管理するのであれば、クラウドのサービスなどevernoteを使うとかいろいろ手段はあるかと思います。

私の場合は、やさしく名刺ファイリングというソフトを使っています。
ちょっと手間はかかるものの、スマホにも入れて管理してます。
そのうちに、上記に書いた様にクラウドでまとめたいと思います。
で、今もそうですが、電子データに入れた後は、破り捨てています。

単純に小さな名刺ケース２個に入れているだけです。別枠は、「何かの会合で出会った人」くらいで、これはケース２の最後にまとめています。名刺ケースは常に満タンに近く、もう入らないと言う状態になると古いのを分けて、引き出し奥の別ケースに移動してアップデートしています。あまり重要度が高くないと判断した名刺は、実はこれが一番多いのですが、最初からケースに入れずにしばらく別の所に置いておいたあと、不要と判断したらシュレッダー廃棄しています。それで、名刺ケースは現在付き合いある会社の電話帳となっています。

先のコメントでご紹介されている「やさしく名刺ファイリング」は、私も専用スキャナと共に使っていて、PCのデスクトップにアイコン登録もしています。OCR認識もそこそこ良くて、また使い勝手も良くて気に入ってます。しかし、面倒がりやの性格から、集まった名刺をスキャンするのが面倒で放置気味なのと、急な必要性の場合にはやはり紙の名刺に頼る方が早い気がして、活用できていません。

こう書いてみると、私の場合、名刺管理は何にもしてませんね。

最近、スマートフォンで使い始めたサービスです。
まだ、うまく使いこなせていませんが...。
こんなのもあるよ、といった感じで。