入退室管理だけではもったいないような気がします。
出退勤管理とか　昼食購入管理とか　も かませたほうがコスパが良くなるでしょう。　少なくとも用途別に何種類ものカードを持たせるのは止めましょう。

ウチはイトーキのカードエントランス システムを入退室管理に使ってます。が、同じカードで　アマノの　出退勤管理システム、食堂情報システム　も使っています。（これが最適なのかどうかは私はたずさわっていないのでわかりません　が　今のところ問題は無い様です（導入担当者は出退勤管理と入退室管理を混同するくらいの素人でしたのでちょっと不安））３００人規模で使用ですが３０００人でも問題ないとおもいます）
外回りでは入退室時には監視カメラが連動動作するようにしています。画像はデジタルレコーダに記録されます。
ほかにも建物周辺、駐車場、工場資材倉庫、ロビーは２４Ｈ監視しています。

３０００人で４フロアとはかなり大規模・高密度ですね。日本国内ですか？（ウチには中国で２０００人４フロアの工場がありますが、息が詰まりそうな密度です（といってもフロア中央に集中して、周辺は空いていましたが）

フロア内を更に仕切って「重要管理区域（例　新製品開発室、化学物質（薬品）使用エリア）」みたいなのが必要になるとおもいます。その分のドア数も（後から増設することも）考慮したほうがいいでしょう。

私共の電算室は、「（株）アート」という会社の製品を使用しています。
非接触カードもOKで、比較的安価に構築できるようです。

ウチではALSOKを利用しております。
機能については参考URLをご覧ください。