ウチの場合は紙も残していますし、スキャナーで取ったものも保管しています。申請を受け付けると一覧表をExcelで作っていますのでそこに登録して処理番号を振ります。　スキャナーで取ったものは処理番号をファイル名にして保管します　一ヶ月たつと1ファイルに結合します　紙はバインダーにとじるだけですが順番は一覧表に合わせています

今のところ紙もファイルも捨ててはいませんが、ISOの文書管理で「何年保管にするか決めろ」といわれて苦慮しています　

私の所では、申請書のワークフローは紙主体です。
で、最終的にはスキャナーにて電子データにし、ノーツに概略を記載し、電子データを貼り付けておきます。
紙はとりあえず2年間保管。その後、紙は破棄。
閲覧したいときは、ノーツの検索機能で検索して閲覧。

といったところです。
回覧物も製造業なので紙主体ですが、私の部署ではすべて電子データ化して保管してあります。その方が、いつでも誰でも閲覧出来て回覧が早いし、再度見たいときもすぐに探せる。

私のところでは、昨年春まで紙で各種申請を処理していましたが、今はガルーンのワークフローを利用しています。

紙で処理していたころは、他のインシデントをデヂエで管理していたため、手間ではありましたが、デヂエにも入力して運用することで検索できるようにし、申請書を処分した後も履歴がわかるようにしていました。

紙の申請書の保管年限は決めておらず、前年度分までは部内で保存、それ以前のものは総務管理の倉庫で保管しています。