以前、50名ほどの卸売企業で情シスしておりました。
その時に受発注のFAXをペーパレス化しました。

その時に利用したソフトウェアを紹介します。
・DocuWorks
・ApeosWare JF Pool Service
です。
FujiXeroxの複合機と連携し、各種設定を行うことで実現しました。

実際は、現在ご使用の複合機の担当者に聞いてみるのが一番良いと思います。

お疲れ様です。
弊社もDocuWorksとまいと〜くFAX Serverを使用しています。

複合機がFAX受信→プリンタ内の客先別のフォルダにデータを保持→
DocuWorksのフォルダ参照機能でデータをDocuWorks内に取り出し→
DocuWorks内で追記→プリンタに印刷する要領でまいと〜くFAX ServerでFAX送信

こういった流れになります。
弊社は受信FAXの場合、念のために紙を出す設定にしています。

おや
ウチもFujiXeroxの複合機とDocuWorksを使っています
DocuWorksは単体でも使用しています
　口の悪い奴は　DocuWorks　を「改竄ソフト」と読んでいますが　それくらい　追記や前文抹消　が手軽にできます　
　機能的にはフリーソフトのPDF-XChange PDF Viewer　でも同程度の事ができます。　
私の場合、”FAX受信した文書に追記して”という事はほとんどありません。　WordやExceｌで作成した文書をそのままFAXモデムに送って送信することはあります。

ＰＤＦ書き込みソフトを都度開く必要があり非効率な点です。
とのことですが、私の場合は　PDFを見るだけでも　PDF-XChange PDF Viewer　を使うので　加工する時は　そのまま書き込むだけです　（つまり　ADOBEリーダは使わない　です）

うちもFujiXerox製品で受信→加工→返信→保管までやってます
たまたま複合機がFujixerox製だったのでDocuworks形式で全てを完結できました。
一連のフローをApeosFlowServiceにて行い
Docuwaysで送信元へ自動返信
ArcWizShareに保管（他業務でも保管先として利用）
一部カスタムプログラムを組んでもらいましたが
業務担当はDocuworks上で加工＆フォルダ移動させるだけ

完全なペーパレス化にできました

たくさん回答頂き、ありがとうございます。

Docuworksがキーになりそうだなと実感しました。
文書管理も今後の検討課題なので、一石二鳥な
感じです。

ただ、社内システムのメイン仕入先がリコーさんなのが
引っかかりますが・・・