ウチの場合は　共有フォルダの一番上位だけを情シスで設定して、あとはその要求者＝管理者がその下のフォルダの管理をするようにしています。「管理者は下位のフォルダの一覧を作りアクセス権の管理をしなさい」という規則になっているので

ユーザより「そもそも一覧が無いと、削除・追加の必要性が分からなくなる」と言われ
るという事はありません。（もし言ってきた者がいたら「一覧はお前が作るんだよ」と言い返すだけです。
下位のフォルダは情シスでも見れないので一覧も作れません（ということにしています。）

たぶんですが「No.3172 Active Directoryフォルダアクセス権管理ツール、ソリューション」「No.3574 ファイルサーバのアクセス権設定　業務省力化のコツ？」で紹介した「ファイル権限デザイナー(FAD)」が役立つと思います。

そちらに書いた説明以外が必要であれば、追記してください。