①拠点A⇒本店への通信は可能。（fil=1によって）
可能かと思います。
　→応答として発生する本店⇒拠点Aへのパケットは通る？
ステートフルインスペクション対応か否かだと思います。
一般的なルータでは戻り（本店⇒拠点A）を明示的に設定する必要があります。

②本店⇒拠点Aの通信は可能？（fil=1は始点アドレスが拠点Aで定義しているため、本店からは通信できない？）
拠点A側の設定によるかと思います。

③本店⇒インターネットの通信は可能？
PPP、PPPoE等の設定がなされていれば可能かと思います。

https://syszo.com/okweb3/EokpControl?&tid=31907&event=QE0004
にもありますように、
引用------
この手の動作などは厳密には機種やファームウェアのバージョンによっても違う可能性がありますし、
この場できちんとした回答が得られるはずはありません。
マニュアルの記述が不明なのであればサポートに問い合わせるか自分で試しましょう。（試す方法を考えましょう）

お疲れ様です。

アライドのルーターはあまり触ったことがないので何ともいえないのですが、コメント（１）さんの言われるとおり、ルーターは基本的にステートレスだと思いますので、戻りパケットのACLを書かないと正常に動作しないと思います。

全体のネットワークの構成情報等がわからないので、この情報だけですとちょっと回答するのは苦しいかもしれませんね。