キッティングでプリインストールされてるソフトが違うことかな。
不要ソフトアンインストールの手順がことなるのと、
電源管理系のソフトが入ってるとWindowsのコントロールパネルで設定しても
電源管理系ソフトの設定が有効になるのでセットアップ時に無効またはアンインストールしておいた方が後々トラブル時に混乱しないと思います。

前職では、機種ごとにゴーストでイメージを作成して、キッティングに使用してました。
四半期に一度そのマスターイメージの更新を行っておりましたが、機種が20種類ぐらいあったので更新作業に時間がかかって大変だった記憶があります。

うちはパソコンのオンサイト保守を結んでいるので、ベンダーが複数になるとベンダー毎に対応する内容が異なるし、サポートの依頼の仕方も違うのでその部分が大変でした。
F社はHDDトラブルだったらすぐ交換はしてくれるけどリカバリ作業はこっちでやらないといけないとか、
T社はサポート入るまでにちょっと時間がかかったとか（たまたま忙しかっただけかも？）

うちはユーザーの要望に合わせて結構PCの機種は変えていましたが、特に管理面での手間はなかったですね。
ただ、他の人も書いてらっしゃるように、購入後しばらくしてからセキュリティーソフトか何かと競合して一部のドライバがうまく動かなかったPCがありました・・・しかもメーカー側の責任ではないとのことで返品交換できないとのこと。
特に大量に購入される際には一度試してから、または上記のようなことがあったときに返品交換が可能かどうかといったところは確認しておかないといけないなというのが教訓です。
参考になれば。。

みなさん
返信ありがとうございます。
大変参考になりました。

機種がバラバラの場合だと、購入したＰＣをすべて配布しなければならないケースが多く、
故障・破損時の代替機など考えなったのが災いの元に…。
代替機を準備できずに出張を延期したなど、同機種ならパーツ乗せ変えで済んだのにという悔しい思いも沢山ありました。
更に、保守を終えた後のＰＣ破損時には高額修理請求が悩みの種でしたね。
同機種のストック機さえあればパーツ機にするか、好きな時に処分出来たのですが。