＞独自にヨドバシカメラ等の量販店で購入したOffice2016のライセンス

こちらはパッケージでしょうか？ヨドバシカメラはボリュームライセンスも取り扱っているので、確認になります。

うちは(2)ですね。各部署管理はまず無理くさいので、情シスで一括管理です。特に困ってることはないです。なお、ボリュームライセンスはないです。

前の職場ではボリュームライセンスとパッケージの混在でした。マイクロソフトのライセンス調査が入るようになってから、管理表で事細かにどの端末になんのライセンスで入れているかつけてました。パッケージの場合は社員のメールアドレスにしてましたが、退職時にメールアドレスも消滅するので面倒でしたね。

＞ 各部署が独自にヨドバシカメラ等の量販店で購入したOffice2016のライセンスが存在する可能性
「可能性」なんて言ってないで調べればよろしかろう。
それでライセンスがあるならその分、（無条件で社員数分にするのではなく）ボリュームライセンスの数を減らす。　というような管理にすればいいでしょう。
ライセンスを情シスで一括管理にするなら購入に際しても介入しないといけません。そうしないと未ライセンスや重複ライセンスになります。　そこは全社にガツンと言わないといけません。（そんなのめんどうくせぇと手を抜くなら「勝手にかった奴なんか知らぬ」と決め込むのも手ですがその場合でも規程を作って「パソコンの購入時には情シスに申請すること」としておけば「申請しなかったお前が悪い」にできます）

当社も混在型ですが、（2）です。
エクセルでライセンス台帳をつくり管理しています。
困ったことはありませんが、代替えの時や廃棄の時のチェックを忘れないようにしています。^ ^

皆様、返答ありがとうございます！！
はやり（２）が多いですね。。。
量販店で購入するのはパッケージになります。
MPSA契約を締結してライセンスを購入する予定なので、契約締結したら各部署が単発購入する場合もMPSA契約に紐づくアカウントから購入しようと思っています。
よって、量販店で購入するパッケージは契約締結されるまでに各部署が先行購入する場合に限られる予定ではあります。

（２）でやる場合、仮にPCが破損したとか廃棄のため別端末に再インストールをするとなると、どの端末にどのライセンスキーを入れていたのかを記録＆管理しておかなければならないわけですね。
端末と資産管理番号とインストールキーは管理必須の項目になりそうですね。。。

規程で縛っておく観点は完全に抜けておりました。
実施方針に従って追記が必要か確認するようにします。

うちは資産管理ソフトで収集していましたね。
それが無ければ、4clfさん のようにExcel台帳管理が必要ですね。
使用者管理は各部署に、端末管理（端末管理番号ベース）は情シスで…
とすると、少しは分散されてよろしいかと思います！

ボリュームライセンスの契約書に「ユーザの一覧を作れ」という一文がありませんでしょうか（昔はありましたので一覧を作っていました　でもマイクロソフトの調査の時に一覧を見せろ　とは言われなかった　）
なので　Excel（でなくてもいいが）台帳管理　は必要なんじゃないでしょうか。