バージョンの違うオフィスでは、何かと違和感がありますね。
この種のソフトは上位互換なので、古いバージョンは新たな機能についていけないことが多いですね。特にワードなどでも、2000で作ったものを2003で変更履歴の機能を使うと訳分からない状態になります。
作成方法に問題というより、違いがあるのを認識したうえで、部分的に作り直すか、一時的に古いオフィスで凌ぐということではないでしょうか。私はそうしてますが。

弊社クライアントで以下のような案件がありました。
(弊社が直接解決した案件ではありませんが・・・)
ドキュメント作成を代行する派遣業のようなことを行っている企業だったのですが、全社統一のボリュームライセンスでOffice2003を導入、客先ドキュメントの作成を2003で行っていたところ、客先へ納品するたびに、当初のイメージ通りの表示がされない・・というのです。
結局、PowerPointやVisioの互換が、旧バージョンとは完璧に行われないことが原因だった(当たり前ですが、旧バージョン作成分は新バージョンでの表示に問題はないんです)ことがわかり、全ての客先のOffice環境が統一整備されるまでは、2003から2000へダウングレードすることで、当面の問題を回避しています。(せっかく買ったのにもったいない限りです・・・)

2007を利用している・・ということですが、ボリュームライセンスベースであれば、やはりダウングレード権を行使できると思います。
Officeを利用した重要ドキュメント作成時は、関連作業を行うメンバーや客先・外注先において、互換性が完全に保証されている表現方法は行わない・・という運用を行うか、旧バージョンを併用するか・・・が、もっとも現実的な解決方法だと思います。

※Officeのバージョンに関しては、ライセンスコストなどを考えても頭が痛い問題です（汗
　弊社では2000→2003の移行を行っていません。
　MS社に見捨てられるまでには・・・と思っていますが、なかなか・・・（汗
　

「イカルス」さん「らいおん」さんも指摘していますが、Officeにはバージョンの違いが確実にあります。【MS-Office 97/2000/XP(2002)/2003 / 2007】
「くま」さんも気付いてはいるようですが、上位互換(2000→2007)はほぼ完全に実現していますが、下位互換(2007→2000)はある程度、という状態です。

そのため、対策としては、「複数のOfficeのバージョンは、できるだけ使用しない」ということが一番の解決策になります。

しかし、取引先などの問題で、一気に新バージョンへ統一する事が難しく、複数のバージョンを併用する必要がある場合には、下記のような方法が考えられます。
（ライセンス的に問題がありそうな事もありますので、最終的な判断は、Microsoftに確認してください）

なお、MS-Officeの原則は、１つのWindowsに１つのMS-Officeのバージョンです。ディレクトリを分けると、複数のバージョンのセットアップは可能ですが、Windowsシステムの部分に共通プログラムがセットアップされるため、それらが１つのバージョンしか維持できません。そのため、完全な互換性は保てなくなります。

1.複数台のPCを用意して、切り替えて使用する
一番の力わざですが、確実な方法です。ライセンス価格の問題と、PCの費用、管理コストなどの問題があります。

2.１台のPCで複数のWindows(MS-Office)を切り替えて使用する
参考URLの１番で紹介しているような方法で、切り替えて使用すれば、PCは１台で済みます。ライセンスの問題はグレーかなぁと思っています。（同時に１ユーザー１ライセンスしか使用できないため）

3.「Virtual PC」を使用して複数のWindows(MS-Office)を呼び出して使用する
上記1.と基本的な考えは同じです。実態のあるPCの代わりに仮想PCを利用するという違いです。ライセンス的に、同時に使用する形になるため、確認が必要だと思われます。

4.「Microsoft SoftGrid」を利用して、複数バージョンのOfficeを混在させる
詳しい事は、参考URLの３〜５番を読んでください。今までにない技術を使用して、最初に述べた「１つのWindowsに１つのMS-Officeのバージョン」を変えられるソフトのようです。Microsoftとしては、この「SoftGrid」を、旧バージョンを使用している企業向けに使える、と考えているようです。
問題は、「SoftGrid」自体の価格と、「SoftGrid」サーバーの管理、複数Officeのライセンス部分だと考えています。

以上です。
「くま」さんが、上記のような面倒な事にならずに、バージョンを１つに統一出来る事をお祈りします。