良く分からないのですが『職務権限表には「１００万以上の購入は役員決裁」』というのはいわば、ルール化されているものですが、コンピューターのシステム上の仕組みには、何の規制もなく通ってしまう、ということでしょうか？
だとすると、ITシステム的に防げないとなることが問題ですよね。極端な話、2000万円の発注でも通るということですよね。アナログの統制基準があっても、コンピューターシステム上フリーパスになるのは、極めておかしなことが起こる可能性を防ぎきれない、いわゆる不正な支出などを特定個人が行いうるということでは、世間的に問題になっているようなことが・・。

少なくとも内部統制的に「あってはならないこと」を100％防げなくとも、ITシステムでその可能性を可能な限り押さえることが求められていることからも、アナログのルールとITシステムのルールを同期することがまず第一かなと思います。結論としては「違反であっても、ITで抑えられないないことが問題」ということでしょう。

・100万円以上の発注は自動発注しない仕掛けにする（規則優先＝プログラム修正）
・製造計画が承認されている→材料の発注も承認されていると解釈する（規則の改正→責任範囲が明確である必要がある）

現状のお話では誰も発注の責任を取られる状態になっていないように見えます。
そうなると詐欺や不正横流しみたいな事態になっても素通りになってしまい会社に多大な被害を与えることがあり得ます。

責任の所在をはっきりさせる事によってそれを監視する仕掛けがないと、いつか大変なことになると思います。

規模が小さいので参考にならないかもしれませんが、
私のところでは、一切の発注者は、唯一無二のキーマンの承認が必要、
つまり私の許可を経ないで発注することができない、その場合はキャンセルか個人負担となる、ですね。まあおやつ程度なら、あとで個人的にお目こぼしをしますが、基本は認めないし、そうした場合はキャンセルあるいは個人負担、お叱りですね。

意外なことに結構みなさん「ルールありき」なんですね。

もちろん、会社というのはルールで成り立っているわけですが、現実に
そぐわなければむしろ積極的にルール改定も「あり」ではないでしょうか？

受注と生産計画がしかるべく承認されていて、かつ部品展開表の内容が
よく精査されていれば、役員の決裁は形式的なものにすぎないということ
になりますよね。決裁待ちのリードタイムを犠牲にしてまで役員決裁に
よる統制の精度をあげるほどの価値はないと思えます。

内部統制上も、（ITが適切に管理されていれば）自動発注といったITに
よる処理は手作業より精度が高いものとみなされています。（監査法人
による説明）

したがって、職務権限規定をご変更されるのがよろしいのではないでし
ょうか。

MRPによって自動発注されるにしても、生産する台数から部品の必要数は割り出されるわけですから、その時点で上長に判断を仰ぐなどの動きがあるべきと思います。
そしてその上長がＯＫならばＯＫですし、エスカレーションするならばその結果を待てば良いでしょう。

コンピュータシステムで金額の上限を制限させるという手段もありますが、こういったいわゆるイレギュラーなことをシステムに盛り込みすぎると、仕様が複雑になり、運用が困難になると思います。
コンピュータシステムは、極力シンプルにしておくべきと思います。

要は、会社の利益が上がり、ひいては世の中の為になればよいのですから、違反とかそんなとこにこだわるのはナンセンスですよね〜。