C/Sシステム設計の話になると思うので一言。
（C/S=クライアントサーバーシステム）

サーバーの目的をトップにしたトップダウンで設計をすると、
注意しないとインフラ面で足元すくわれますよ。

特に前回AD導入の質問をされていましたが、
こちらは解決もしくは導入を前提としていることなのでしょうか？

そうでないとサーバーの統廃合する際に、アクセス権限でSIDの
再割り当てしないと、誰がアクセスできて、
誰がアクセスできないのか、ぐちゃぐちゃのシステムになりますよ。

それからその２台あるというサーバー、
ネットワーク的に同一セグメントに存在するのか、
離れたセグメントにあるのか、によっても、
適材適所というものがあります。

クライアントの台数も前回１００台と記載ありましたが、
サーバーに限った話、２台でのファイルサーバーの統廃合なら
至極簡単に事は進みますけど、
クライアントのほうの再設定の手間は構想に含んでいますか？
ユーザーの混乱に伴う業務効率の低下も含んでいますか？
データ容量の将来予測とかされた上での配置計画になっていますか？

あと気になったのは、
「ファイルサーバーを用途によって分けたい」とする目標が
出てきた理由です。おそらくファイルの分散・点在・混在が
目に見えて酷くなったから、だと思うのですが、
なぜそうなったのか、そしてその解決の手段が本当に、
「クライアントデータのバックアップ用サーバ」と
「共有ファイル用サーバ」とに分けることにあるのか、
もう少し深く考えてほしいな、ということです。

そして使う側。ユーザーのこともよく考えてほしいです。

あまりにシステム管理者側で事を進めるよりも
使う側の一人一人に昼食時を利用するなどして
ざっくばらんに聞いてまわってはいかがでしょうか。
「何であちらこちらと保存しちゃうの？」とか
簡単なことでいいんです。

意外とシステム面での問題よりも、運用面、つまりは、
保存場所の方針に正しい理解がされていないなどの
ことが問題なのだということが顕在化するかもしれませんよ。

どんな良いシステムでも使うのは「人」です。

「人」をないがしろにしてはいけないと思います。

業種とか、サーバの状態で変わってくるでしょうが．．．
個人情報を保管する（それなりの管理がされているのでしょうね）サーバがあるなら　そのレベルで全体を管理すればよいのではないかと思います。
「他のユーザと共有したいファイル」は正式版ということでそれなりのアクセス権限（全員参照、特定ユーザのみ更新とか）をつけたフォルダに保管しなさい　にする。　で共有財産にする。
「クライアントのバックアップ」というのは作りかけのファイルを入れておいたりパソコンを入れ替えるのに使うのだろうと思いますが　これは個人個人のみのアクセス権にしておく。　（クォータ管理出来るとよい）
Ｂ機のディスク容量があればサーバ機は分けなくてもいいのではないかと思います。　（ディスクが少なかったら増設）

つまり　いろいろなアクセス権のついたフォルダを増やしていって便利に、そしてしっかり管理する。　　部門−部−課ー担当　のようなツリー構造にするといいと思います。　
サーバ機は増やさない。　マシンを増やすとバックアップなどの管理が増えます。
フォルダのアクセス権についてわがままを聞いていると複雑怪奇になるでしょうがそれも１台の中であれば、いずれ整理するなり・見直すなりは 出来ます。　
が　サーバが２台ですと　どっちがどっちだになって整理も しにくい です。サーバ間移動をするとショートカットがどうのネットワークドライブがどうのと変更が大変です。