全て自前で行われるか、一部ベンダーのソリューションを利用するかと、手段はいろいろです。

ベンダーのセットになっているプランを参考にされるとよろしいかと思います。
http://www.iij.ad.jp/service/system/IIJ-SR.html

サーバー台数、クライアント台数、から運用規模を察するに、
PPTPが最適なVPN構築でしょう。

サーバーは Windows Server であれば、
NT4.0 2000 2003 とバージョンを問わず簡単に構築できます。
ユーザー認証も、ＮＴドメインやActiveDirectoryと
連動できますので、接続に使うアカウント管理も手間が省けます。

クライアントは Win98 から標準機能とされていますので、
これまたバージョンごとの差異を気にしなくて済みます。

サーバーとクライアント間のネットワーク経路に関しても、
気にすることといえば、ルーターがVPN(PPTP/L2TP)パススルーに
対応しているかとか、TCP1723 GRE47 を着信側サーバーに
通すように設定できるかとか確認する程度で済みます。

ヤマハのルーターであれば、ルーター自体がPPTPサーバーの
機能を有しているもののもあります。同時接続数に限りが
あったりしますが、手軽さはダントツでしょうね。

ただまぁ簡単に構築できるだけに、技術的な理解をしなくても
済みますが、企業のＩＴ管理者たれば、理解はしておいたほうが
よいでしょう。atmarkit とかで勉強してみてください。

リモートアクセス用のVPN

こちらですが、拠点LAN−拠点LANを結ぶVPNでしょうか？
それとも、特定のPC−特定のPCを結ぶVPNでしょうか？
それによって、最適な手段が異なるとは思います。

VPNに関する基礎知識は、参考URLを読んでみてください。