「サーバは不可」という部分が引っかかります。

付属のバックアップソフトウエアが対応していないということでしょうか。

もしくはデータの種類は一般的なファイル「ワード、エクセル」ではなくOracleやExchengeなど、DB系-メモリに展開されて常に開いている状態のデータ群であればVSSの機能が付いたバックアップソフトウエアを使用する必要があります。
またはDBを停止させるスクリプトを実行後バックアップするなど。

データ単位、ファイル単位のレプリケーションでいいのであればフリーでも簡単に実行できるツールが多数ありますよ。

バッファローに問い合せたと言う事はＮＡＳに付属のツールでシステム
のバックアップを行おうとしたのでしょうか。
システム運用中にＯＳも含めてバックアップしようとするのであれば、
それなりのソフトを購入する必要があります。
Win2K Serverにはシステムツールの中に"バックアップ"が標準でありま
したがWin2003では無くなってしまったのでしょうか。　でもこのバック
アップでも、全ての領域をバックアップする事はできません。
通常のフォルダ（ＤＢやシステム関係ファイル以外）等のバックアップ
で良ければフリーソフトを使うとミラーリングが可能となります。
RealSyncやBunbackなどのフリーソフトを当社では利用しておりますが。
ご参考までに。

「メーカー（バッファロー）に問い合わせたところサーバは不可」
というのは　「テラステーション（おそらくそうなのでしょう）の機能としてはバックアップは無いです」という意味かと思います。
テラステーションはディスクしかないのでそれ以上のことは無理でしょう
別にサーバを立ててバックアップ装置をつけて　テラステーションのファイルを吸い上げることはできるはずです。
リカバリ（システム復旧）用である必要はないと思うので標準の［バックアップ］でよいでしょう。
バックアップ中はＬＡＮに負荷がかかるので夜中にやりたいところですが　テープ交換がくると困るのでオートチェンジャー（高価！）をつけたいですね。

win2003serverにも［バックアップ］はありますよ。

対象となるデータフォルダだけをミラーリングでバックアップ

本当にこれだけで良いのであれば、ROBOCOPY をおすすめします。
ROBOCOPY は「Windows Server2003 Resource Kit Tools」に含まれているコマンドです。各種オプションを設定すれば、ほぼ希望の勝利が実現できるのでは無いでしょうか？
ただし、ファイルが開かれていると問題があるので、深夜にタスクスケジューラーで、それぞれのサーバーでコマンド（バッチ）を実行させるようにするのが良いと思います。

それ以外の時間帯のバックアップとしては、「ボリューム・シャドウ・コピー・サービス（VSS）」はいかがでしょうか？
それぞれのサーバーの空き容量次第ですが、３時間おきのスナップで、１日分が取れていれば、ほぼ大丈夫では無いでしょうか？

以上は、無料でMicrosoftから提供されているツールを利用したバックアップになります。これで目的が達せられるのであれば、お試しください。

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もし、バックアップ対象のサーバーでDBなどが稼働している場合には、一旦DBを止めて、バックアップをして、再度DBを起動させるなどの処理が必要になります。
これをコマンドで組む事も出来るとは思いますが、Oracle や SQL Server を使用している場合には、BackupExec や、「System Center Data Protection Manager」 などの専用アプリを使用するのが楽です。（非常に高価ですが…）

また、HDD(NAS)へのバックアップですと、１か月以上前のバックアップなどは不可能です。
そのような事を実現させるためには、desatoさんがおっしゃっているような、
オートチェンジャー付きのテープバックアップ装置が必要になります。（こちらも非常に高価です…）

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「ciloa」さんが求めている事や、バックアップ対象のサーバーに関する情報があいまいなため、このようなあいまいな回答しか出来ませんが、これでもお役に立てたでしょうか？