職場に１名づつ担当者を決めてその者に管理させます。　その者はパソコンの技量も有る程度ありしかもライセンスの事を理解している者です。
昔は個人任せにしていましたがそうするとＣＤや説明書を紛失する（多分、違法コピーも）など問題があったので体制を整えました。
問題はそういう者は（役に立つ者が多いので）異動することがあり後継者が居ないことがあったりすることです。

各事業所で担当者が決められない実情もあり
故障時は、代替PCを直ぐに発送できる体制を整えて、
ライセンスは全て情シス部門で管理しています。
私が入社する以前は、各部署のPCと一緒に保管されていたのですが
アプリケーションCD紛失やリカバリーセット一式の紛失も発生していました。
また家庭で使っていたソフトの会社PCへの違法導入などもありました。

代替PCは会社規模や稼働しているPCの導入時期にもよると思いますが
うちでは約１００台に対して代替ノートPCを２台常時スタンバイし
出番は半年に１回程度です。