きっとどこの会社でも同じ悩みを抱えているのでしょうね。だからこそ「文書管理（検索）システム」が世の中にたくさん出回っているのでしょう。
うちもやっぱり悩んでいます。

感じるのは、「やはり紙書類の分類整理がうまい人は、電子ファイルの分類整理もうまいなぁ」と思います。
パソコンがない時代から事務作業をしていた人は、やっぱりファイルサーバも使いこなしてます。逆に「今時の若い人」の方が「ディスク＝四次元ポケット」と考えてるっぽいような・・・。

やはり紙書類と同じように、
・書類の廃棄期限を設けて、資料廃棄サイクルを決める。部署ごとにＰＤＣＡサイクルを作らせる。
・「キャビネット-引き出し-バインダー」と同じように「大分類フォルダ-中分類フォルダ-小分類フォルダ」を決める

システム的に無理くりやるなら、
・一年ごとに別サーバーに引越作業をさせてそのタイミングで資料整理をさせる。
・部署ごとにシステム上で容量制限を決めて、そこに達したら「知らん！自業自得だ！整理しろ！」

ごめんなさい、なんの参考にもならないですね。

うちは200人ちょっとです。私も常に悩んでいます。。

・部署ごとにシステム上で容量制限を決めて、そこに達したら「知らん！自業自得だ！整理しろ！」
私はこれいいと思いました。
フォルダ毎に責任者（もしくは責任区）を決めてその範囲は責任をもって管理というかやりくりさせる。いいですね〜
情シスでは、なかなか管理しきれませんからね