はじめまして。

Samba(Linux)のアクセス権限の付与と管理ですが、
Linuxファイルの権限は、所有者、所有者のグループ、それ以外のユーザ
それぞれに対して読み・書き・実行の権限(rwx)を決めることができるので
Windowsのように、ファイル権限をユーザごとに細かく設定することは
難しい（できない？）です。

Linuxは、所有者ユーザを中心に権限の範囲が決まるので、
ユーザ管理がそのままファイル権限に影響します。
ただ、Sambaの場合、Samba認証用ユーザを設定する必要があり、
Linux(OS)ユーザと別パスワードを設定できます。
Samba認証用ユーザは、Linuxユーザであることが前提です。
このことも、管理が難しいとされる要因のひとつかもしれません。

また、SambaのGUIにSWATがありますが（Webベースでブラウザで操作します）
設定内容によっては、SWATからではなく、
config等の設定ファイルを直接書き換える必要があります。
（個人的には、設定ファイルを直接いじる方が楽です）

あと、Webmin等の統合管理ツールを使って管理する方法もあります。

以下のURLを参考にしてみてください。
（Sambaに関するネット上の情報があまりない感じがするのは気のせい？）