私も同じなやみがあります。
自分の作業（あるいは同じ情シスメンバーの作業）の手順書なのか
一般ユーザへの手順書なのか　によっても　用紙も違えば書き方も違います。
作成者によっても表現が違ってきます。
一時期は強引に書式を統一したこともあるのですが、「実行条件：マシンが稼働している事」みたいなどうでもいい項目ばかり増えて返って見にくいものになりました。
一応、皆に言っているのは「手書きでもいいから全ての作業に手順書を作れ。　都度、変更があれば手書きででもいいから書き込んでおけ。（時間のあるときにワープロソフトで作成・修正せよ）」です。

あーそれで思いついた　手順書の作成ソフトはなんですかという瞬間投票

私のところでは、資料作成の基本はＥｘｃｅｌで行うように指導しています。（Wordによる文書作成は避ける様にしています。）
ですから手順書もExcelと言う事になります。
で、共通フォーマットとしてはただ１つだけセル幅を「1.38」としています。（A3またA4の枠内で極力ある程度のレイアウトは、セル単位で作成できるようにします。）

「大は小を兼ねる」の逆で「小は大を兼ねる」です。
（大きい表は、セル結合で表現できるので...。）

資料を見ての理解度のバラつきについては、公開資料については、必ず上司の印にて「審査」「承認」をさせ、公開される前に第３者の判断が入るようにしています。

あなたが仰る様に、うちでも「何となくお互いにいいところは取り入れて」やっています。
おそらく、部員同士の仲が良いので出来ているのではないかと・・・

手順書対象者や用途、目的をまず明確にして整備するのが良いと思います。

それは、作業者向けなのか、管理者向けなのか。
作業者向けだとして、それは日常的に使用する（慣れた人用）ものなのか、
主に教育用（新人用）に使用するものなのか。
作業の効率向上のための標準化を重視するのか、
品質保持のためのルールや作業基準の維持を重視するのか。

対象者や用途、目的によって、最適な書類形態や公開方法は変わってきます。
目的を明確にせずに、総花的に作成すると、収集のつかないものになるかもしれません。
（目的を明確にせずに総花的に取り組んで失敗するケースは、いろいろありますよね）