こんにちはです。
＞最低限の業務アプリケーションのみを残し、社員のデスクトップ環境が毎日元に戻る。
使用後は環境を特定の状態に戻すって事ですよね？
以前切替機を作っていたメーカで「ネットカフェや学校などで使用」と事例
が書かれたものを思い出しました。
同メーカは無くなった（？）ようですが、商品は「ワッセイ」と言うメーカ
が引き継いでいるようです。
目的のものかどうか、私も試した事は無いのですが、ご参考にどうぞ・・・

おそらくですが、「No.1543　不特定多数が利用するPCへの対策は？」でも紹介されていた、「Windows SteadyState」が使用できると思います。
詳細に関しては、窓の杜の紹介記事や資料を読んでみてください。

なお、今回のような場合であれば、シンクライアントの導入という事も検討対象だと思いますが、いかがでしょうか？
最近は仮想化技術と組み合わせてシンクライアント環境を実現する事も出来るようです。仮想デスクトップPCを利用したシンクライアントの場合であれば、ほとんどのソフトが使用可能になると思われます。

予算などの面で、問題があるかもしれませんが、あわせて検討される事をお薦めします。