マイドキュメント、デスクトップ、メールの保存先を簡単に変更可能なツールはご存知ありませんでしょうか？

これだけで良ければ、Windows Server の標準機能の「移動ユーザー・プロファイル」「フォルダ・リダイレクト」を利用すれば可能だと思われます。（Windows 2000 Server以降とActive Directoryが必要にはなりますが…）

詳細は、参考URLでご確認したり、キーワードで検索されてみてください。

関連情報として、シンクライアント関連の展示が「ITpro EXPO 2008 Autumn : シンクライアント・ソリューション パビリオン Powered by 日本HP」で行われていました。専門イベントではありませんので、決して数は多くありませんが、１３社が出展していたようです。簡単な説明と、それぞれの出展社へのリンクがありますので、お時間のある際に確認されてみてはいかがでしょうか？

なお、想定されているような運用に近い製品として「NTTファネットシステムズ　シンクライアントＦ」という製品がありました。配布していたチラシには、「システム管理ツール：398,000円（１導入システムにつき）」「クライアントライセンス：27,000円（１台につき）」と書かれています。
なお、会社概要で確認すると、NTTコミュニケーションズの子会社のようです。

個人的には、仮想化技術を基にした「VDI（Virtual Desktop Infrastructure）」 でのシンクライアント環境に興味を持っています。
出展社でいくと「ヴイエムウェア(VMware Virtual Desktop Manager)」「シトリックス・システムズ・ジャパン(Citrix XenDesktop)」あたりになります。
ご興味を持たれましたら、各出展社のサイトでご確認ください。

そのものズバリの事例がありましたので紹介いたします。製品の選択基準など、参考になる部分が多いと思われます。

ユーザー・ローミング−鳥取大学医学部附属病院（前編）
「シン・クライアントに命を預ける」，千台超の端末を病院内で運用
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20081007/316337/?ST=network

ユーザー・ローミング−鳥取大学医学部附属病院（後編）
非接触ICカードを使い院内どこでもシステムを利用可能に
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20081009/316596/?ST=network

後は、一般的なシンクライアント関連情報をご紹介いたします。（すでにご存じの情報も多いかも知れませんが、念のために）

また、ここの応援企業の１つであるHPでは、シンクライアントに力を入れていてワークステーションクラスのシンクライアント環境もあるようです。もしかしたら特殊な環境でも使用できるかもしれません。

最後になりましたが、業務に応じて別方式のシンクライアント環境を用意すると言う事も有効なのでは？、と考えました。
管理コストは増大する可能性がありますが、初期投資やライセンス費用などは低く抑えられる可能性があるのでは？と考えました。

紹介した情報が、少しでも参考になれば幸いです。