うちの会社は、業務上の都合で Mac が多いので、
当然のことながら、Mac もサポート対象になっています。
ちなみに、Mac はウインドウズよりもずっと楽ですよ。
分かりやすいので、ユーザーも覚えやすいですから。

まあ、それはそれとして、
システム管理部門、サポート部門が「サポート対象にしない」と
明言しているのを知りつつ、サポート外のソフトや機材をユーザーが導入した場合は、
自己責任とするのが妥当だと私は思います。
実際、そうしないと無駄にコストがかかりすぎます。
そして無駄なコストは圧縮しないと、会社のためになりません。

しかし、やっぱり実際にはいるんですよね。
サポート対象にしない、と言っているにも関わらず、
好みでソフトや機材を選んで、
その挙げ句にトラブったから助けてくれって言い出す輩がね。

これは正直腹が立ちます。
助けを求めるのなら、助けてくれる人間の言うことを聞くのが
道理として当然でしょう。
サポート部門はサポートするのが仕事だ、
とか思っているようですが、
世の中のあらゆる設備やソフトに対してサポートを可能にするなんてことは、
どだい無理な話です。
そんな体制を、会社が維持できるわけはありません。
だから、どの部門にしても、業務の範囲は自ずと限定せざるを得ない。
そこらへんの理屈を理解してもらいたいと、いつも思います。

というわけで、実際にそのようなケースが発生した場合は、
易しい対応はせずに、あえて厳しい対応をするように心がけています。

田吾作 さん
社内PCにMacがある環境ので少し違うかもしれませんが、
業務に必要なアプリ（メール、MS-Office,プリンター・・etc）を
標準の物を決め、それのみサポートしています。
個人でインストールした物は、自己責任と割り切って貰ってます。

クライアントPCのサポートについては、機種なりOSなりを組織として決めて、その範囲で対応するというのが、混乱のない運用につながると思います。

私どものところでは、サポートOSは次のものに限定しております。WindowsとMacOSXの比率は50:50くらいです。
・Windows 2000/XP/Vista
・MacOS X 10.3〜10.5

サポートといっても、ネットワークにつながるかどうかくらいまでの対応にしています。メールソフトとかそういうものはユーザの自由です（そういうユーザニーズなので）ので、サポートもしませんが、それでも問い合わせはあるので、標準ブラウザ(Firefox)と標準メーラ(Thunderbird)を指定してあり、基本的な設定とかは、社内webに載せてあります。

あと、WinもMacも使っている立場としては、Macの方が簡単です。素人の人が（特別の必然性もなく）わざわざWin選択しているケースを当社では見かけるのですが、こういうケースが一番困るんですね。問い合わせの多さとか、セキュリティ確保とか、設定の簡単／難解とかで。

私のところでは最初から「基幹系以外のパソコンのサポートはしない」を原則にしているので依頼が来ることはありません。（とは言っても引き受けることはありますが、それはあくまで個人的な善意によるもの　としています。）
少々冷たい気もしますが、そうでもしないと　
散々いじくって壊したあげくに「直しておいてくれ」「まだ直らんのか」「いつ直るのだ」「仕事が出来ないじゃないか」と言い放たれる事になりかねません。
私のところも多数のＷｉｎｄｏｗｓの中に数台のＭａｃがありますがそれは製品の試験用です。　おそらく「通常の業務用にＭａｃを使いたい」と言っても許可されないですね。