あまり参考にならないかも知れませんが、ひょっとしてループしている
なんてことは考えられませんか？
私も一度、経験があるのですがループしているとLINK/ACT LEDがもの凄く
早く点滅しっぱなしになります。

ご質問の「最近」という状況と大きなファイルを扱っている間、他の人が
ネットワークが使えないってことも私の経験と同じでしたので参考まで。

コメント（1）社内SE さんの回答以外の事で書きます。

基本的な事になりますが…

基幹HUBとの接続は、スターだったり別のフロアHUBを経由してたりします。(少しづつ増床したため)

それであれば、まず全てのフロアHubを基幹Hubに直結させてみてはいかがでしょうか？
基本的にサーバーまでのHubの段数（経由数）が少なければ少ないほど、速度的にも有利ですし、メンテナンス性も上がります。
（こんな感じでしょうか？　PC→島Hub→フロアHub→基幹Hub→サーバー）

また、基幹HubはGigabit対応でしょうか？
対応であれば、せめてフロアHubをアップGigabit対応のタイプに変えるだけでも、速度的に有利になります。

また、基幹がCisco製であれば、フロアHubからのアップを２〜４本まとめて収容する事も、検討しても良いと思います。（基幹側に空きがあればですが…）

なお、簡単なインテリジェント機能程度で良ければ、DELL、Corega、Buffaloのクラスでも十分低価格です。せめてフロアHubをそのクラスに変えれば、基本的な問題切り分けはしやすくなると思います。
（特定のポートからの流量が以上に多い→そのポートの先の島HubのPCを調査）
（基幹とフロアのHubのレベル差がありすぎて、バランスが悪いなぁと思ってしまいました）

※何年か前の自分をみているようです。ネットワークの設計の部分では変に妥協せずに、キチンと基本にしたがって行う事が大事だと思います。またどうしても自分で配線しようとすると、面倒で妥協しがちですので、多少費用が掛かっても、業者の方に配線をしてもらうと良いと思います。（特にフロアHub→基幹Hubの接続）（電話工事の業者の方が、LANの配線工事も請け負ってくれています。基本は同じみたいです。）

こんにちは。
記載されている状況だけではコメントはしにくいですがお困りのようなので。
1)フロアHUBをGigaHUBにしたら解決つくか？
これはどこにボトルネックがあるか判断しないと無駄な投資（大した額ではないが）になる可能性がある。私見では解決しませんし、解決しても一時的なものかと。
2)ネットワークループの可能性
これはありません。全て同じセグメントで運用されているということであればネットワークループが発生したら同一セグメント内全てが使えなくなります。
3)サーバー側の性能
サーバーやネットワークの構成によりますが、インターネット接続がプロキシ経由でプロキシ兼ファイルサーバであればサーバのパフォーマンスを調査する。WindowsサーバならタスクマネージャなどでCPU使用率やPF使用量、ネットワーク負荷（Win2003）を定期的に監視し、正常時と障害時の違いを比較。

ご提案
1)サーバ及びネットワーク構成図を作成
管理されているサーバが10台以上とのことですので必要かと思います。
このとき、論理的と物理的な観点で分け両方作成するのが良いです。
また、ネットワーク物理構成図は縦系（基幹・フロア・島HUB）と横系（フロア内の配線図、フロア・島HUB・PC）を作成し、基幹HUBやサーバまでのネットワーク経路で相対的に負荷が高いところを切り分けする。また、このときにPCのNICやHUBの速度も記載しておく。これでネットワークのボトルネックがどこにあるか分析する。

2)セグメントを分ける。
私の勘ではこれで解決すると思います。記載内容に「サーバもユーザもみんな同じセグメントですし・・・」とあるからです。
はっきり言ってこの運用はセキュリティの観点からも危険ですし、無駄にネットワークの負荷が増大します。
分けるときの観点は「サーバとユーザの分離」「部署ごとにセグメントを分割」ということです。

私の会社では下記のようにしてます。
・サーバーは独立したセグメントを設ける。また、サーバの役割に応じ論理的にセキュアなセグメント（ユーザがアクセスできないようにルーティングしない）も用意。
・フロアごとにセグメントを分ける。私の会社では同じ部署がフロアを跨いで存在してないのでこうしてます。
・フロア内で異なる部署が存在するときは、サブネット分割する。
※ただし、セグメントを分けるにはレイヤー３スイッチもしくはルータが必須で貴社にない場合は投資が必要です。
※レイヤー３スイッチなどが設置されているのであればセグメントを分けることにより設定変更が必要です。
※構成はプロに相談（ネットワークベンダー）すべきですが、レイヤー３スイッチは基幹HUBの上位か基幹HUBと入替。
※セグメントを分ける作業は社内業務を一時的に停止することになります。

もし技術的・業務負荷的な問題などでセグメントを分けるのが難しいようなら専門家（ネットワークベンダー）に相談すると良いと思います。
レイヤー３スイッチを入れて、ネットワーク構成の変更はかなりの費用負担（恐らく100万単位の支出）になります。その際に全面的に依頼して、ベンダーの分界点を「社内LAN」とさせれば大分楽になるかと。
貴社が３月決算で来期予算の策定に間に合うなら今のうちに。

私が使っているネットワークベンダーを参考URLに載せておきます。

免責事項
申し訳ありませんが、ここに記載した内容はあくまでも記載内容から判断した私見であり、実施するかどうかはL30さんの判断です。

現象の原因の1つに
フロアHUBの性能限界もあると思います。

スイッチングHUBは、同一カテゴリー、ポート数でも
色々なメーカのものが、価格もピンキリでありますが、
その価格差は、機能やブランドだけではないと思います。

L30さんのところのような環境
（ユーザ数：50〜100人/フロア×複数フロア？）では、
量販店で販売しているようなものは避けた方が無難でしょう。

また、信頼のおけるネットワークインテグレータ、
施工業者さんとお付き合いすることも大事です。

特に施工業者さんは、
・ケーブルへのラベル付け
・ケーブル測定データの提出
・敷設ルート等図面の提出
がキチンとしてもらえるかで判断できるかと思います。