実際に導入している訳ではありませんが、無償提供されている「Microsoft Search Server 2008 Express」という製品があります。
お試しになってみてはいかがでしょうか？

「Microsoft Search Server 2008 Express」でどの程度実現されているかはわかりませんが、クライアント向けのデスクトップサーチ技術にはリスクがある事を知っておいてください。

本来であれば、検索しても各ユーザーがアクセス権を持っていないファイルに関しては、検索結果を表示しない、といった対策が必要になります。一応「Microsoft Search Server 2008 Express」では下記の記述があるので実現出来ているようですが、試してみない事にはわからないので、断言は出来ません。このような点も考慮して、お試しになってみてください。

結果のセキュリティ トリミング。
クエリ時のユーザーの ID に基づいて検索結果が自動的にトリミングされるので、ユーザーには適切なアクセス権がある情報のみが表示されます。ファイル共有、SharePoint サイト、Lotus Notes データベースのコンテンツに設定されている ACL (アクセス コントロール リスト) は、インデックスの作成時に自動的に取り込まれます。