とりあえず以下のような注意点があると把握しています。
ただし、けっこう前にテストした結果なので、現在は内容が変わっているかもしれません。
とりあえずネットで最近の状況を確認した方が良いかも知れません。

●内蔵HDD を交換する場合は、Vista 対応製品でないと使えない。
新品 HDD の場合は問題ないが、古い HDDを流用する場合は注意が必要。
●各種のネットワーク共有機能がデフォルト状態ではオフになっている。セットアップ時に必要な機能を明示的にオンにする必要がある。
※セキュリティを重視するのであれば、不要な共有機能はオンにしない方が良いと思う。
●ネットワーク設定がデフォルトで IPv6 と IPv4 が両方オンになっている。
両方オンの場合、IPv6 が優先して使用されるため、環境によっては通信できない状態になる。
なぜならたいていの LAN環境では、 IPv6を使用可能な状態にセットアップしていないからだ。
IPv6 はオフに設定する必要がある。
●LANマネージャの認証レベルが「NTLMv2応答のみ送信する」になっているため、ウインドウズサーバー以外のファイルサーバーに接続できない。
セキュリティオプションで、LAN Manager認証レベルを「LMとNTLM応答を送信する」に設定変更する必要がある。
※ホームエディションではローカルセキュリティポリシー機能が削除されているため、このような設定変更ができない。
（レジストリをいじる必要がある）
だから企業利用ではホームエディションは絶対に導入してはいけない。
●Vista のごみ箱アイコンは、右クリックメニューから「削除」を選ぶだけで簡単に消去できる。ごみ箱アイコンが選択された状態でデリートキーを押すだけでも消せる。
ところが復活させる手順はなかなかややこしくて分かりにくい。
多くのユーザーは意図せずにごみ箱を消去してしまい、復活させる手順を調べるために膨大な時間を無駄に浪費している。現在も。
●表示される警告ダイアログや、各種設定機能のインターフェースデザインは相変わらず極悪だ。
このため設定がうまくいかなくても、何が悪いのか、よくわからない。
解決のための調査に非常に多くの時間が浪費される。
●標準搭載されているMS明朝、MSゴシック、メイリオが JIS2004字形になっている。
もっとも、現在では JIS2004字形が正しい字形として学校教育されているので、これはたいした問題ではない。
古い PCで作成した文書との間では、わずかに字形が異なるトラブルが発生するだけだ。気にしなければ良い。
●Telnet がデフォルトで無効になっている。
ターミナルを使いたい人は機能を有効化する必要がある。
●管理者アカウント（Administrator）アカウントがデフォルトで無効になっている。
Administrator でのログインが必要な場合は、手作業で有効に設定する必要がある。
●フォルダ名に全角スペースのみの名前を指定できる。
ただし、これをやると名称変更も削除もできないフォルダになるので、やめた方が良い。

他にもいろいろありますがとりあえず、以上のような感じです。
それで思うんですが、「私はウインドウズが好きだ」とか言っている人って、感覚がおかしくありませんかね。