こんにちは、

大半の会社で使用しているであろうOSはWindowsXPかと思います。
強いて資格を取るというならば、以下は個人的な意見ですが、

情報システム社員はMCP（70−270、70−290）は最低押さえておきたいです。
他部署の社員でも、MCA（OS）などはお勧めしています。

情シスといっても、会社の規模や担当する業務によって偏りがあるので、おしなべてコレ！というのはなかなかむずかしいですね。

強いて言うなら基本情報処理試験でしょうか。他もあわせて情報処理技術者試験は

・テキストが豊富
・受験料が安価（「落ちたら自腹」という資格支援制度の設計がしやすい）
・権威がある（国家資格）
・スキルレベルがある程度想定されている

という点で、取らせやすい資格です。

MCP関係も要るといえば要るのですが、3〜5年で次のバージョンが出るのに「自習で取っとけ」とはさすがに言い難くて....。

技術、といった点ではかなり狭い範囲になると思うのですが、私はＭＣＰをお勧めします。

ＭＣＰを取ればＭＳＤＮの活用範囲も広がりますし、資格取得者用のコミュニティも、困ったときには利用できると思います。

あと、これは会社の事情によると思うのですが、弊社は「ＭＳゴールドパートナー」の認定を受けているのですが、この認定を受けるためには相応のＭＳに対するポイントが必要になってくるのですが、ＭＣＰ資格取得者が社内にいるだけで、無条件で１ポイントついてきます。
※パートナーの認定を受ければ、ＭＳ製のＯＳやソフトウェアを一部無償で使えるようになります。Office系ソフトの検証にちょうどいいので、活用しています。

こういった事情から、なるべくＭＣＰを取るように上司からも言われています。