悩ましいですね。。
もし、じゅうたんならば敷き変えるのはどうですか？
帯電防止タイルなどをひいて、害虫がわきずらい状態にするのも
良いかもしれません。

サーバ室って、入室できる人が限られていて、清掃も入らない（れない）ので
汚いんですよね。
（隅っこに髪の毛なんかが溜まっているサーバ室は結構多いと思います。）

ラックを養生シートで覆うか目張りして、ダニアースを噴霧（でダニを退治）、以後マメに掃除掛け
でどうでしょうか？

リアルでデバグって。

でも投稿者さんは専門機関の診断は受けられたんですか？
いるようです、ということだと存在は確認されてないようですね。
ダニかとおもって病院いったらそうじゃなかったってことは
結構あるようですよ。アレルギーだったとか。

本当にダニがいるなら超音波の害虫駆除機もありますよ。
効果有るのかどうかは知りませんが。

床の材質は何ですか？
　リノリウムならば徹底して掃除機やホウキ、モップで掃除をします。
　絨毯なら粉末の殺虫剤を撒いてしばらくしてから掃除機で吸います。
もしマシンを稼働しない日があるならばその日にバルサンを焚くのも手です。
（マシンのファンが止まっていればラックの周りにビニールを巻くくらいでいけます）
「なんかかゆいな」と思ったらピレスロイド系（俗に言うアーススプレイ）の殺虫剤を噴霧します。

とにかく通常の　お掃除　を欠かさない事です。