私も最初は違和感を覚えました。ところが会社でこういう風に挨拶しなさいとなって今ではみんな使っています。電話で「はい、ＯＯ課です。おつかれさまです。」という具合です。
私は帰る時以外は使いません。電話で午前中なら「おはようございます」ですし、午後は何もなしでいきなり話題です。メールでも使いません。

　私以外にもこの挨拶に違和感を持っている人がいて安心しました。そういう"世間の常識"があって、私が知らないだけだと思っていました。「お先に(失礼します)」に対して「お疲れ(様です)。」は帰りの挨拶だと思っていましたので。
　私も最初は抵抗していましたが、多勢に無勢でいつしかこの挨拶を使うようになりました。社内メールの頭にも使ったりします。そもそも、帰り以外で合ったときにする"適当な挨拶"がないのが原因でした。「こんにちは」も何かそぐわない気がして。
　実のところどうなんでしょう？　文化的挨拶的に正しいのかどうか知りたいところですが、この挨拶が多数派か少数派かでも知ることができたらうれしいです。あるいは、画期的な挨拶を開発した、特殊な挨拶をしている(芸能界の「おはようございます」のような)のがあったら教えてください。

私は電話でも、すれ違い時でも、メールでも、ほぼ毎回「おつかれさまです」を使っています。（朝は「おはようございます」ですが）
互いに労う気持ちから発する言葉だと思っていますので、日本的な挨拶なのかもしれないですね。
この言葉がないと、クッションになる言葉が見つからないので、つい使ってしまいますが、確かにたまに「疲れてないよ」と言われることはあります。
そんな時は苦笑いです。
建設業界では上下関係なく、「御苦労さまです」が使われていました。
通常「御苦労さま」は上から下に言う言葉ですが、これは建設業界ならではの挨拶だと聞きました。
「挨拶」はコミュニケーションを取るための第一声なので、気持ちよく「おつかれさまです」と言えるようになりたいです。

お疲れ様です。

まったく気にした事が無かったですが、私はよく使いますね。
電話での挨拶、拠点に行った時の挨拶。普通に使っています。

いつからだろうと考えたのですが、どうやら学生時代からのようです。
部活での挨拶。バイトでの挨拶。そして就職してからの挨拶。

運動部でしたので、先輩が来たときの挨拶と帰りの挨拶。
バイトも肉体労働が多い＆日勤夜勤があったので、会った時と帰る時の両方で使ってました。そして就職してそのままですね。

あと、挨拶は地域や地方でも特色があるので、はじめて聞くと一瞬悩む挨拶もありますよね。でもその地域ではそれがあたりまえの挨拶で。

話がずれましたが、と言う事で私にとっては普通の挨拶ですね。

「まだ疲れちゃいないよ」と頭の中で反論してます。
当にその通り。
そんなに疲れた様に見られてると思うと情けなく思う。
時には、疲れた顔して無駄骨折るより早く帰れ、と言われてる様にも感じる

ただし、一緒に頑張って何かを成し遂げた時に言われたのなら素直に嬉しい。

いずれにしても「おつかれさん」は感情を伝える言葉であって、挨拶では無い。