１．セキュリティパッチが入手できなくなるので、リカバリの実行が安易に
　　出来なくなる。
２．アンチウィルスソフトは、新たにパッチが出なくなるためメーカーの
　　サポート外になる可能性がある。
ということが想定されます。

すでにご存じかもしれませんが、「FFR yarai 脆弱性攻撃防御機能 for Windows 2000」という製品があります。有償で2012年12月31日までは、各種セキュリティ対策を行ってくれるようです。
これを使って時間稼ぎをしつつ、移行準備を行うというのが正しい対応だと思います。

あとは、運用面で「Windows 2000を使用する機会を最低限度にする」とか「Windows 2000 が使われているNetworkを、他のPCのNetworkと切り離す」とかでしょうか？
どこまで可能なのかはわかりませんが、出来るだけリスクを減らす努力は必要だと思います。

本題とは関係ない話題です。
先日、写真屋さんに行ってデジカメで撮った写真をプリントしてもらおうと店頭にある機械を見たら電源が入ってなかったのです。
店員さんに言って電源を入れてもらったらなんと画面にWindows2000の文字が出ました。
なんとあの機械のOSはwindows2000なのですね。
サポートが切れても大丈夫なのでしょうか。

ウチにも１台だけですがｗｉｎ２０００があります。古いシステムなので入れ替えは検討していますが現在は安定稼働しているので焦って行うつもりはありません。
セキュリティに関しては社内のＬＡＮに有る限りはまず大丈夫と思います。もしグシゃっと逝ってしまったら、別のマシンにＯＳインストールしてシステムも構築し直してバックアップデータを入れれば治ることは確認済みです。