ＶＤＴ作業では「見ない」ことが一番ですね
２時間毎に１５分の休憩　とか
輝度とコントラストを低めにする　とか
色温度も低めの（黄色めの）設定にする　とか
私は　画面を見続けない　ということにしています
画面の向きにも注意して照明や窓が写らない角度にしましょう　とか
座ったときの眼より下向きの目線になるようにイスの高さも高さを調節しましょう　とか
画面は眼よりなるべく遠くなるように机の奥の方に置きます
キーボードやマウスの位置も大切です。
「液晶画面にフィルタ」ってＣＲＴの時にはそういうのがありましたが私は画面の前に貼るのがきらいで一切付けません。ノートパソコンのテカテカ液晶もきらいですべてノングレアタイプにしています。
電子レンジを置いて熱いおしぼりで眼をぬぐうとか　これは肩こりにもいいです。肩こり用の保温剤も売られています。

VDT障害というとすぐに眼の事を考えますがそれ以外の障害もあります。

たとえばキーボードの位置が高すぎて肩を張った状態で入力するための肩こりがあります。
一般の事務机は高さが決まっているのですがVDTにはやや高めになります。
仕方がないので椅子の方を高い物（ガススプリングで調整できるもの）にするといいでしょう。

マウスは軽いものでがいいでしょう。重いものは腕が疲れます。といっても小型の物は握りにくいので避けましょう。

マウスはいつも確実に動作することを確認しましょう。消耗品ですから調子が悪くなったら交換しましょう。調子の悪いものを使っていると精神的に疲労したり指が疲労したりします。予備の新品（中古品は駄目）の物を用意するといいでしょう。

そういえば昔、マウスの左ボタンが壊れて力一杯押さないと反応しなくなったのですが新しいマウスの購入を認められないために使い続けたので指が痙攣するようになったと先輩から聞いたことがあります。
それで思い出したのが、これも先輩の話です。　
ガススプリングの椅子（１万円）に換えるのを許可しなかった役員が座っている椅子が１５万円と聞いて先輩は腹が立って「データ入力もしないあなたが高額の椅子にふんぞり返って、VDT作業の椅子を認めないとはどういうことか」と詰め寄って許可してもらったそうです。

すぐにのめり込んでしまう人は要注意のものですね。

私はしょっちゅうのめり込んでしまい、長時間画面を見続け気づいたときには目が充血しているとかよくあります。

意識的に何か改善しようと思っても難しいですね。

何かタイマーでも仕込んで、画面に表示させるとかしないと改善できないだろうなぁ。まずは気づかせるところから。

Windows 7の「タスクスケジューラ」で「n時間起きにタスク実行」という設定ができるようです。
(Windows XPやVistaが同じことをできたか未確認です。)
一定時間おきにメッセージやアラームを実行させればよいのではないでしょうか。
お金をかけずに簡単にできそうな気がします。

もしくは、Outlookのような予定表機能付きのソフトを利用されていたら、それらで毎2時間おきにアラームをならすような「予定」を登録するのでもよいのではないでしょうか。

私のところではPanasonic Let’snoteをほぼ全員使っております。
(好き好きがありますが、)Let’snoteは全体的に白っぽく映ります。
そのせいで目が疲れます。
外付けディスプレイを使うことでかなり目の負担が和らいでいます。

個人的な見解ですが、オフィスの照明を薄暗くうすると目の負担が和らぐと思います。
テクノロジ−ではありませんが、照明に調光器をつけて、オフィス照明の加減を弱くするのもよいのではないでしょうか。
(暗くすると居眠りする社員が出てきそうですが。)