詳しい情報は知りませんが、「宅ファイル」を使用している業者があります。
他に「データ便」や「ファイルポスト」等も同類でしょうか。

　「ファイルやフォルダのグループ分けができ、アクセス権が付与できる」という点からは、グループウェアそのもののような気がしますが、「社外の顧客とやり取りする」という点からは、大容量ファイル転送サービス（or ＡＳＰ）ような気もします。
　グループウェアからか、大容量ファイル転送サービスからか、どちらかから探してみるのがいいのではないでしょうか。

あと、個人的見解なのですが・・・
　「ユーザ数が1000人程度でも使用可能」ということから社員単位にユーザを割り振るといった利用方法と推測します（間違っていたら、ご免なさい）。その場合、セキュリティが何もない状態と同様になってしまうことにご注意してください。
　２００人規模の一般企業で、誤送事故（宛先間違い、送信物間違い）が１週間に１件の割合で発生しているという報告を聞きました。報告された分だけで。
　それを考えると、運用（利用）方法を含めて検討してみては如何でしょうか。